Invece, la funzionalità di un microscopio moderno, in particolare quelli avanzati, è controllata da:
* Software incorporato: I microscopi sofisticati hanno spesso software incorporato (firmware) che funziona su un microcontrollore o un processore simile all'interno del microscopio stesso. Questo software controlla le funzioni di base come la messa a fuoco, il movimento dello stadio, l'intensità dell'illuminazione e talvolta anche l'acquisizione di immagini a un livello molto semplice.
* Software per computer: Operazioni più complesse, elaborazione delle immagini, analisi dei dati e funzionalità di controllo avanzate di solito richiedono un computer con software specializzato. Questo software si collega al microscopio (spesso tramite USB, Ethernet o altre interfacce) e funge da interfaccia tra l'utente e l'hardware del microscopio. Il software, non un sistema operativo all'interno del microscopio stesso, fornisce l'interfaccia utente e i controlli. Questo software potrebbe essere eseguito su Windows, MacOS o Linux.
In breve, il controllo di un microscopio si ottiene attraverso una combinazione di firmware e software per computer incorporato, non un sistema operativo per microscopi dedicato.
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