Un vantaggio di un modello fisico a palla e stick su uno grafico è la comprensione e la manipolazione spaziale
migliorate . È possibile ruotare e manipolare fisicamente il modello per visualizzare la molecola da diverse prospettive e comprendere meglio la sua struttura tridimensionale e la sua relazione tra atomi. Questo è più difficile da ottenere con rappresentazioni 2D statiche o anche con modelli 3D interattivi su uno schermo, in particolare per molecole complesse.