Mentre si possono usare diversi protocolli *, il protocollo più comune per il trasferimento di file tra i sistemi UNIX e Linux è
Secure Copy Protocol (SCP) , un protocollo basato su shell sicuro (SSH). Altre opzioni includono SFTP (SSH File Transfer Protocol) che è anche basato su SSH e offre più funzionalità e opzioni meno sicure come FTP (Protocollo di trasferimento di file) e RCP (copia remota). Tuttavia, SCP e SFTP sono preferiti per la loro sicurezza.