Un grande svantaggio dell'utilizzo di FTP dalla riga di comando è la sua
mancanza di sicurezza . FTP trasmette i dati in testo normale, il che significa nomi utente, password e i dati stessi sono facilmente intercettati da chiunque monitori il traffico di rete. Questo lo rende altamente vulnerabile agli attacchi di intercettazione e man-in-the-middle. Mentre SFTP (SSH File Transfer Protocol) offre un'alternativa sicura, è completamente un protocollo diverso, non una funzionalità di FTP di comando standard.