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A cosa serve il formato SDF?

L'SDF (formato dei dati della struttura) viene utilizzato principalmente per rappresentare le strutture chimiche delle molecole . È un formato di file ampiamente usato in chimica e chimica computazionale. Un file SDF può contenere una o più molecole, ciascuna con le sue informazioni strutturali associate e possibilmente proprietà aggiuntive.

Le informazioni codificate in un file SDF possono includere:

* Connettività molecolare: Gli atomi e i legami che compongono la molecola.

* Tipi di atomi: Il tipo di elemento di ciascun atomo (ad es. C, H, O, N).

* Coordinate atomiche (3D): La posizione spaziale di ciascun atomo, consentendo la visualizzazione della struttura 3D della molecola.

* Proprietà molecolari: Vari dati associati alla molecola, come peso molecolare, logp (coefficiente di partizione ottanolo-acqua), stringa sorrisi, chiave inchi, ecc.

I file SDF sono in genere basati sul testo e utilizzano un formato specifico con linee che iniziano con `> ` per indicare proprietà e blocchi di dati contenenti le informazioni ATOM e Bond. La loro flessibilità li rende adatti per la memorizzazione di grandi raccolte di strutture molecolari e i loro dati associati, rendendoli una scelta popolare per i database e le applicazioni di screening virtuale.

 

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