I supercomputer possono essere configurati per l'accesso multiutente, ma non è inerente alla loro definizione. Molti supercomputer sono utilizzati da più ricercatori o team, spesso attraverso un sofisticato sistema di pianificazione dei lavori che consente a molti utenti di inviare attività che vengono quindi eseguite in parallelo. Tuttavia, il sistema stesso potrebbe non essere direttamente interattivo come un tipico server multiutente in cui si accede con un ambiente desktop. Invece, gli utenti in genere interagiscono indirettamente attraverso l'invio di lavori e quindi controllando i risultati.