* File system: I primi Mac hanno utilizzato il file system gerarchico (HFS), in seguito evolvendo su HFS+. Windows utilizzato (e utilizza ancora in gran parte varianti del sistema di allocazione dei file (FAT), inizialmente FAT12 e FAT16, quindi successivamente NTFS. Questi sistemi hanno strutturato file e directory sul disco in modo diverso. Ciò significava che un disco formattato per un sistema operativo non era direttamente leggibile dall'altro.
* Fine della linea: I file di testo hanno utilizzato caratteri diversi per contrassegnare la fine di una riga. Macintosh ha utilizzato un personaggio di ritorno a carrello singolo (CR), mentre i finestrini hanno utilizzato un ritorno a carrello seguito da un mangime di linea (CRLF). Ciò potrebbe portare a file di testo che appaiono confusi o formattati in modo improprio quando apriti sull'altro sistema.
* Codifica dei caratteri: Le prime versioni di entrambi i sistemi operativi hanno utilizzato diversi codifiche di carattere (modi di rappresentare i caratteri del testo come numeri) per rappresentare il testo. Ciò ha comportato spesso i caratteri che appare come simboli incomprensibili o inaspettati quando un file veniva trasferito tra i sistemi.
* Formati di file: Mentre alcuni formati di file erano relativamente agnostici per la piattaforma (come il testo semplice, anche se anche allora i finali della linea erano un problema), molti formati di file specifici dell'applicazione (ad esempio, documenti di elaborazione testi, fogli di calcolo) erano proprietari e leggibili direttamente solo dalle applicazioni sul loro sistema operativo nativo. Ciò significava che un documento Word creato su un Mac non poteva essere aperto direttamente in una versione di Windows di Word (e viceversa).
* Dati binari e ordine di byte: In alcuni casi il modo in cui i dati binari (come file di immagini, eseguibili ecc.) Sono stati archiviati internamente differivano. Ciò è stato particolarmente rilevante per l'ordine dei byte (Endianness), con alcuni sistemi che memorizzano dati in ordine di big-endiano e altri in poco endea. Il tentativo di aprire un file binario creato su un sistema utilizzando un ordine di byte diverso potrebbe portare a dati danneggiati o illeggibili.
In sostanza, non si trattava solo del file stesso, ma per tutto il modo in cui il sistema operativo ha gestito e archiviato i dati sul disco. Nel tempo, queste incompatibilità sono state ridotte con l'ascesa di più formati di file multipiattaforma (come PDF, vari formati di immagini), standard di codifica dei caratteri migliorati (come UTF-8) e strumenti che possono tradurre tra i file system e gestire le diverse finali della linea. Tuttavia, le applicazioni e i file legacy mostrano ancora spesso queste incompatibilità.
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