* Distribuzioni Linux: Molti supercomputer si basano su distribuzioni Linux altamente personalizzate, spesso su misura per ambienti di calcolo ad alte prestazioni (HPC). Queste distribuzioni sono ottimizzate per l'elaborazione parallela, la gestione di un gran numero di processori e core e gestire enormi set di dati. Esempi includono Cray Linux Environment (CLE) e varie distribuzioni basate su Red Hat Enterprise Linux (RHEL) o CentOS.
* Altri sistemi operativi specializzati: Sebbene meno comuni ora di Linux, altri sistemi operativi specializzati venivano storicamente utilizzati, spesso sviluppati dagli stessi fornitori di supercomputer.
Il sistema operativo non è la caratteristica di definizione di un supercomputer. Sono le enormi capacità di elaborazione parallela, reti ad alta velocità interconnesse e hardware specializzati (come GPU e interconnessi personalizzati) che le distinguono veramente. Il sistema operativo è un componente cruciale che consente l'uso efficace di questo hardware.
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